В 2005 г. Никифоров стал советником по ИТ премьер-министра Татарстана Рустама Минниханова, а в 2006-2010 гг. возглавлял Центринформационных технологий Татарстана. Это предприятие было создано для того, «чтобы в нем под контролем государства обеспечить некий базовый объем самых важных сервисов», ранее говорил Никифоров. Основными таковыми сервисами он называл систему телекоммуникаций и обслуживание центра обработки данных.
В феврале 2009 г. Николай Никифоров был включен в первую сотню кадрового резерва Дмитрия Медведева. Список, по словам Медведева, представляет собой «единую общедоступную базу данных о лучших специалистах на трех уровнях: муниципальном, региональном и федеральном». Как говорил сам Никифоров в интервью казанской прессе, попадание в первую сотню кадрового резерва позволило ему «серьезно продвинуться в части профессиональных моментов в Москве… Это оказалось важным статусным моментом, который позволил гораздо проще решать важные задачи. Легче стали открываться разные двери».
В апреле 2010 г. 27-летний Николай Никифоров был назначен заместителем премьер-министра - министром информатизации и связи Татарстана, став самым молодым членом правительства в республике. Никифоров женат, воспитывает дочь и двух сыновей.